Ein Fachaufsatz von eines Kirchenjuristen in der aktuellen Juli-Ausgabe der Verwaltungsblättern BW kommt zum Schluss, dass das Sonn- und Feiertagsgesetz BW bei Großbaustellen, wie Stuttgart 21, zu beachten ist und Bauarbeiten an diesen Tagen nicht durch andere Ausnahmegenehmigungen wie dem Arbeitszeitgesetz abgedeckt sind. In dem Aufsatz „Lärmende Arbeiten am Sonntag stören nicht nur Arbeitnehmer“ schreibt Dr. Winfried Klein u.a.:
Er kommt nach der Überprüfung, ob die Bauarbeiten an Sonn- und Feiertagen durch Ausnahmgenehmigungen nach dem Arbeitszeitgesetz, einem Planfeststellungsbeschluss sowie dem Immissionsrecht abgedeckt sind, zu folgendem Ergebnis:
Dies bestätigt die Rechtsauffassung, die Ulrich Ebert, Mitglied der Juristen zu Stuttgart 21, immer wieder in Schreiben an die Bahn und die Behörden eingewandt hatte. In diesen hatte er darauf hingeweisen, dass der rund um die Uhr stattfindende Tunnelbaustellenbetrieb für Stuttgart 21 nicht durch das Sonn- und Feiertagsgesetz gedeckt sei, da die Kirchen einer Ausnahmegenehmigung vorher hätten zustimmen müssen. Sowohl die Vortriebsarbeiten als auch die Baulogistik an Sonn- und Feiertagen würden diesem Gesetz unterliegen, da sie „geeignet sind, die Ruhe des Tages zu beeinträchtigen“. Die Bahn und auch die Stadt Stuttgart dagegen vertraten die Rechtsauffassung, dass mit der Erteilung der Ausnahmegenehmigung für die Sonn- und Feiertagsarbeit auch die eigentlichen Bauarbeiten abgedeckt seien. Auch der Planfeststellungsbeschluss wurde herangezogen. Dem widersprach das Eisenbahn-Bundesamt und verwies auf die erforderlichen Genehmigung durch die Behörden der Stadt bzw. des Landes BW, die dies wiederum anders sahen.
Im April 2017 hatten sich die evangelische und die katholische Kirche mit der Bahn nachträglich in einer „pragmatische Lösung beim Feiertagsschutz“ geeinigt. Die TheologInnen gegen Stuttgart 21 haben diesen „Kompromiss“ kritisiert.